Hai nhân vật chính của trò chơi, Felt và Viese là những nhà giả kim tập sự sống trên lục địa bay Eden, nơi mà nhà giả kim và mana (tinh linh nguyên tố) sống chan hòa với nhau. Trong khi Viese là học sinh chuyên tâm học hành thì Felt lại không nghiêm túc trong việc học, cậu thích thú với việc phiêu lưu hơn và luôn mơ một ngày nào đó sẽ vượt qua được Cổng Belkhyde, nơi ngăn cách Eden với trần gian. Khi Viese được thăng cấp thành nhà giả kim chính thức, cả hai đến một khu rừng để Viese có thể lập khế ước với một mana. Tại đó xảy ra trận động đất lớn làm rung chuyển cả Eden, khiến cho phần lớn lục địa bị biến mất không một dấu vết. Sau khi trận động đất kết thúc, cả hai đến chỗ bệ đá cắm thanh kiếm huyền thoại Azure Azoth, được biết đến là biểu tượng bảo hộ của Eden, và Felt đã rút kiếm thành công. Cậu nghe được giọng của Azure Azoth và thấy bóng của người phụ nữ bí ẩn nói rằng cậu hãy đến Nhà thờ Altena ở lục địa Belkhyde (lúc này đã được mở cổng) để được hướng dẫn cách khôi phục lại Eden và ngăn chặn thảm họa khủng khiếp hơn. Trước khi đến Belkhyde, Viese đã đưa cho Felt một chiếc nhẫn.

Sau khi xuống trần gian, Felt phải cố băng qua sa mạc Tatalia trước khi gục ngã, và may mắn được Noin giải cứu. Noin giới thiệu cô là thành viên của Simsilt, một lực lượng nghĩa quân chiến đấu để giải phóng Belkhyde khỏi ách thống trị của Đế quốc Silvaresta. Felt đồng ý tham gia nghĩa quân để có thể tìm thêm thông tin về Nhà thờ, nơi có thể giúp cậu giải cứu Eden. Felt cùng Noin giải cứu Max, lãnh đạo của Simsilt, thoát khỏi nhà ngục ở Riesevelt, thủ đô của Đế quốc. Trong thời gian giúp đỡ nghĩa quân, Felt biết được rằng chiếc nhẫn mà Viese gửi cho cậu có thể dùng để liên lạc giữa 2 người và gửi đồ cho nhau. Trên đường làm nhiệm vụ mà Max giao cho, Felt bắt gặp dũng sĩ diệt rồng Gray, một long nhân đồng ý giúp đỡ cậu khôi phục Eden sau khi nghe cậu kể chuyện. Felt cũng bị một cô gái tên là Fee phục kích với mục đích là phá huỷ Azoth nhưng bất thành.

Trên đường tìm đến Nhà thờ Altena, Felt và nhóm phát hiện ra Fee bị nhiễm độc trong rừng và cứu cô bằng thuốc giải độc do Viese điều chế. Họ ngộ ra sự thật rằng có đến hai thanh Azoth. Thanh mà Felt cầm là Azure Azoth, thanh mà người bảo hộ Đế quốc Chaos cầm là Crimson Azoth, mới đúng là thanh mà Fee cần phá hủy. Fee quyết định cùng nhóm đến Nhà thờ. Khi sắp đến nơi, họ đối mặt với Chaos, anh dễ dàng áp đảo Felt và Fee và chỉ buộc phải rút lui khi Gray nhảy vào can thiệp. Tại Nhà thờ Altena, mục đích của hai thanh Azoth, Eden và Belkhyde đều được tiết lộ và nhóm phát hiện ra rằng Gardo Continental Drive là thiết bị ngăn cách Eden với Belkhyde. Nhóm cũng được biết rằng Eden duy trì ổn định là nhờ những workshop hoạt động ở một số địa điểm thuộc Belkhyde, nhưng chúng hiện đã bị ngừng hoạt động, Felt cần đi đến những chỗ đó để sửa nhằm dần dần khôi phục Eden về nguyên trạng. Trên đường đi, nhóm vô tình kết nạp thêm Poe, một tiểu tiên vô tình từ Eden rớt xuống Belkhyde. Cùng lúc đó ở Eden, Viese bắt đầu nhận nuôi Iris, một cô bé bí ẩn có thể thực hiện giả kim thuật mà không cần mana.

Sau khi Eden được khôi phục, Felt vẫn tiếp tục giúp Simsilt giải phóng Riesevelt. Max và Fee hóa ra là anh em ruột, đồng thời là người kế vị của Vương triều Slaith từng cai trị Riesevelt trước khi bị rơi vào tay Đế quốc. Trong trận chiến tại một công sự của Đế quốc, Max giao chiến với Chaos và bị Chaos hóa đá, Chaos đã trốn thoát ngay sau đó. Tại lễ đăng quang, Fee trở thành nữ hoàng của Riesevelt, Felt âm thầm rời khỏi nhóm và truy đuổi Chaos một mình. Cậu tìm thấy Chaos ở Nhà thờ Altena, cả hai giao chiến nhưng Felt bị đánh bại và hóa đá, Azure Azoth bị phá hủy. Chaos phá hủy thiết bị Gardo, với âm mưu khiến cho Eden và Belkhyde sáp nhập lại với nhau và tái sinh Lilith, cội nguồn của mana.

Vài tuần trôi qua và Viese bắt đầu lo lắng khi mất liên lạc với Felt. Cô xuống Belkhyde, và với sự giúp đỡ của Gray, Fee, Noin và Poe, họ đã hồi sinh được Felt hóa đá và đoàn tụ. Eden cuối cùng cũng trồi lên tại Belkhyde và Chaos vội vã bắt sống Iris, cô được tiết lộ là tái sinh của Lilith. Căn nguyên của toàn bộ câu chuyện có thể kể lại như sau. Ngày xưa, nhà giả kim Palaxius tạo ra Crimson Azoth để kiểm soát Lilith, với tham vọng là đạt được sức mạnh của toàn bộ tạo hóa và trở thành thánh thần. Học trò của Palaxius là Elusmus tạo ra Azure Azoth để ngăn hắn lại. Mặc dù Elusmus đã thành công trong việc ngăn cản Palaxius, nhưng linh hồn của cả hai đều lần lượt đổ vào hai thanh Azoth và được bảo tồn theo thời gian. Gardo được tạo ra để cô lập những nhà giả kim và Lilith ở Eden khỏi Belkhyde hòng ngăn Palaxius không đạt được mục đích của hắn. Chaos là hậu duệ của những nhà giả kim bị kẹt lại ở Belkhyde, anh muốn hồi sinh em gái mình đến tuyệt vọng nên đã bị Palaxius thao túng, hắn dụ anh gây ra những sự kiện trên và bắt cóc Lilith. Palaxius sau đó phản bội Chaos và chiếm đoạt cơ thể anh, khiến cho Eden và toàn bộ cư dân ở đó hóa đá. Không còn lựa chọn nào khác, nhóm gấp rút khôi phục Azure Azoth và Elusmus, thứ duy nhất có thể giúp họ cứu Iris. Sau khi hoàn thành thanh kiếm, Felt giải phép hóa đá trên toàn Eden. Khi đuổi theo Palaxius đến Đền Tạo hóa, cả nhóm đánh bại hắn và giải cứu Chaos, nhưng Elusmus đã hi sinh để tiêu diệt kẻ thù một lần và mãi mãi. Với Iris được giải cứu và thảm họa được chặn đứng, mana đã lan tỏa khắp Belkhyde, mở ra một kỷ nguyên mới, một thế giới mới.